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新污染物治理起步较晚，工作基础相对比较薄弱，面临法律法规、管理体制、科技支撑、资源配置等诸多不足和短板。新污染物治理工作需要打基础、建体系、强能力。针对这些问题，《行动方案》做出了一系列工作安排：
一是加强法律法规制度建设。
通过建立健全化学物质环境信息调查、环境调查监测、环境风险评估、环境风险管控、新化学物质环境管理登记、有毒化学品进出口环境管理等制度，逐步完善新污染物治理的管理制度体系，着力研究制定有毒有害化学物质环境风险管理条例。
二是完善相关技术标准体系。
通过制修订化学物质环境风险评估、经济社会影响分析、危害特性测试方法等技术标准，逐步建立健全化学物质环境风险评估与管控技术标准体系。
三是建立健全新污染物治理管理机制。
建立生态环境部门牵头，多部门参加的新污染物治理跨部门协调机制，统筹推进新污染物治理工作。按照国家统筹、省负总责、市县落实的原则，完善新污染物治理的管理机制，全面落实新污染物治理属地责任。
四是加大科技支撑力度。
开展有毒有害化学物质环境风险评估与管控关键技术研究，加强抗生素、微塑料等生态环境危害机理研究，在国家科技计划中加强新污染物治理科技攻关。
五是加强基础能力建设。
加强国家和地方新污染物治理的监督、执法和监测能力建设。
加强国家和区域（流域、海域）化学物质环境风险评估和新污染物环境监测技术支撑保障能力。建设国家化学物质环境风险管理信息系统，构建化学物质计算毒理与暴露预测平台。
培育一批符合良好实验室规范的化学物质危害测试实验室，加强相关专业人才队伍建设和专项培训。
